Дружный коллектив Центра отмечен наградами различного уровня. Профсоюзная организация Центра заняла 1-е место в республиканском конкурсе профсоюзных организаций медработников.
В 2016 году Коллективный договор ГБУЗ «Республиканский центр профилактики и борьбы со СПИД» занял первое место среди медицинских организаций СФО.